Sözcü gazetesi yazarı Aytunç Erkin ''Denktaş'ı tutuklatmak isteyenlerin TMT aşkı'' başlıklı yazısında Mehmet Ali Pekgüzel, Fikret Seçen Zekeriya Öz, Ercan Şafak ve Nihat Taşkın tarafından hazırlanan 8 Mart 2009 tarihli 2'nci Ergenekon iddianamesinde Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti'nin (KKTC) lideri Rauf Denktaş'tan tam 12 yerde bahsedildiğini belirterek Denktaş'ın hedefe konulduğunu belirtiyordu. Aytunç Erkin'e göre Denktaş Kıbrıs'ta Annan planına karşı çıktığı için 'Ergenekoncu' ilan edilmişti. 2'inci Ergenekon iddianamesinin açıklanmasından yalnızca iki hafta önce Denktaş 23 Şubat 2009 tarihinde Ergenekon ile ilgili olarak şu açıklamayı yapmıştı.'' Türkiyede 'Ergenekon' davası adı altında, laikliğin tehlikede olduğunu, ılımlı İslam diye Türkiyenin bir yerlere götürülmekte olduğunu gören, Atatürkçü, Cumhuriyete sadık, vatanperver insanların tevkif edildiğini görerek üzülüyoruz diyerek Ergenekon dosyası nedir ki Kıbrıs'ta arıyorlar, Ergenekon dosyası eğer Türk hükümetini düşürmek için bir hareket ise, öyle diyorlar, Kıbrıs'la ilgisi ne Ama hayır, Kıbrıs'a da getirecekler, Türk Mukavemet Teşkilatı'na (TMT) bağlayacaklar Herkes TMT'ye bağlı olduğu için, hizmet ettiği için şeref duymaktadır. Bu milli direniş teşkilatını kirletmeye kalkmasınlar, bütün Kıbrıs Türklerini karşılarında bulurlar. Beni susturmak istiyorlar ama bunlarla susturamazlar." dediğini köşesine taşımıştı.Yargıtay'ın Ergenekon yoktur kararı 22 iddianameden oluşan davada suçsuzların yanında suçluların da aklanmasına yol açmıştı. Bu durum devletin üst yetkilileri olmak üzere kamu vicdanını tatmin etmemiş, bu karar eleştiri bombardımanına tutulmuştu. Burada sorulması gereken en önemli soru hangi Ergenekon'u kastettiğimiz olmalı diye düşünüyorum. Bir tarafta NATO'nun Gölge Ordularının Türkiye versiyonu olan Ergenekon'u mu yoksa FETÖ Kumpası için oluşturulan yeni Ergenekon'u mu DEV-Sol tarafından 1991 yılında bir suikastla öldürülen emekli general Memduh Ünlütürk, Ergenekon'un 50'li yıllarda, Kıbrıs'taki Türk'leri korumak için Turgut Sunalp başta olmak üzere pek çok askerin katılımıyla kurulduğunu, 1960 sonrası Türkiye'ye taşındığını 1983'te faaliyetine son verildiğini emekli bir asker olan Mütercimler'e açıklamıştı. NATO'nun Gölge Orduları Gladyo şebekelerinin NATO'ya üye ülkelerde siyasi iktidarların bilgisi dışında asker ve istihbarat birimleri içinde Amerika çıkarlarını koruma amacıyla kurulduğunu biliyoruz. Türkiye'de Ergenekon ile ilgili olarak ortaya çıkan deliller İtalya'daki Gladyo yapılanması üzerinden NATO'nun gölge ordularına işaret ediyor. Gladyo şebekeleri ile Ergenekon arasında stratejik benzerlikler neredeyse birbirinin tıpatıp aynısı. 1971 Muhtırası veya darbesinde, sağcı ve solcuların bir merkezden idare edildiği, A ilinde sağ'ın kullandığı silahların B ilinde solculara verildiği tespit edilmişti. Bu durum Gladyo şebekelerinin 'Gerilim Stratejisi'nin açık bir işaretiydi.FETÖ'nün kurguladığı kumpas amaçlı Ergenekon operasyonlarının faaliyete geçme tarihi ve arka planı ise eski istihbarat başkanı Sabri Uzun tarafından açıklanmıştı. Uzun'a göre önce 2001 daha sonra 2006 yıllarında halen FETÖ'den tutuklu şube müdürü Recep Güven, Kumpas Ergenekon soruşturmalarında gözaltına alınacak kişileri içeren operasyon planı ve şemalarını kendisine iki kez onaylatmak istemiş, ancak kendisi inandırıcı olmadığı gerekçesiyle operasyon izni vermemişti. Ayrıca Silivri'de Ergenekon davasına bakan mahkeme savcısı Mehmet Ali Pekgüzel'in davanın önemli tanıklarına Ergenekon ismini hangi tarihte duydukları veya tespit ettikleri konusundaki zorlayıcı sorularının kumpasın